К содержимому
learnspaceYOUR NEXT CHAPTER
ПРОСТРАНСТВО ОБУЧЕНИЯ
ГлавнаяКаталог курсовМоё обучениеCoursera

Знания без границ

Учитесь у лучших университетов и компаний мира.

Открыть Coursera
Интеграция
Пространство университета
Моё пространствоСтраница курса
↵
ЯЛичный кабинетСтудент
© 2026 LearnSpaceКаждый день — возможность узнать больше.Помощь
Command Line Tools for Genomic Data Science · LearnSpace
Назад в каталог
courseraАнализ данных

Command Line Tools for Genomic Data Science

Курс от Johns Hopkins University
Уровень не указан≈ 11.9 чАнглийский
О курсеНавыкиПрограммаПреподаватели

О курсе

Introduces to the commands that you need to manage and analyze directories, files, and large sets of genomic data. This is the fourth course in the Genomic Big Data Science Specialization from Johns Hopkins University.

Навыки, которые вы освоите

Command-Line InterfaceUnix CommandsBioinformaticsLinux CommandsLife SciencesBig DataUnix ShellFile ManagementData ManipulationData ProcessingUnixBash (Scripting Language)grepMolecular BiologyData ManagementData Analysis Software

Программа курса

4 модулей · 58 учебных материалов

01Basic Unix Commands21 материалов

Welcome to the course

IMPORTANT: Setup the Virtual Machine for This CourseЧтениеWelcome MessageЧтениеSyllabusЧтениеVMBox (or Docker) Download and InstructionsЧтение

Учитесь у экспертов

Liliana Florea, PhD

Associate Professor

Command Line Tools for Genomic Data Science
В каталоге вашей программы

Инвестируйте в себя

Новые знания — в удобное для вас время.

Начать на Coursera

Обучение откроется на Coursera
в новой вкладке

Обучение на Coursera

≈ 11.9 ч

4 модулей

Язык: Английский

Субтитры: Арабский, Французский, Бенгальский, Украинский, Китайский (Китай), Греческий, Итальянский, Бразильский португальский, Вьетнамский, Нидерландский, Корейский, Немецкий, Пушту, Урду, Русский, Тайский, Индонезийский, Шведский, Турецкий, Азербайджанский, Испанский, Дари, Хинди, Японский, Казахский, Венгерский, Польский

Часть программы вашего университета
Docker Image Download & InstructionsЧтение
Pre-Course SurveyЧтение

Basic Unix Commands

Basic Unix Commands 1: Content RepresentationВидеоBasic Unix Commands 2: Files, Directories, PathsВидеоBasic Unix Commands 3: File NamingВидеоBasic Unix Commands 4: Content CreationВидеоBasic Unix Commands 5: Accessing Content IВидеоBasic Unix Commands 6: Accessing Content IIВидеоBasic Unix Commands 7: Redirecting ContentВидеоBasic Unix Commands 8: Querying ContentВидеоBasic Unix Commands 9: Comparing ContentВидеоBasic Unix Commands 10: Archiving ContentВидеоBasic Unix Commands 11: Practical Exercises IВидеоBasic Unix Commands 12: Practical Exercises IIВидео

Quiz & Exam

Module 1 QuizЗаданиеModule 1 Exam Instructions **IMPORTANT**ЧтениеModule 1 ExamЗадание
02Week Two14 материалов

Module 2

Sequences and Genomic Features 1: Molecular Bio PrimerВидеоSequences and Genomic Features 2: Sequence Representation and GenerationВидеоSequences and Genomic Features 3: AnnotationВидеоSequences and Genomic Features 4.1: Alignment IВидеоSequences and Genomic Features 4.2: Alignment IIВидеоSequences and Genomic Features 5: Recreating Sequences & FeaturesВидеоSequences and Genomic Features 6: Genomic Feature RetrievalВидеоSequences and Genomic Features 7: SAMtools IВидеоSequences and Genomic Features 8: SAMtools IIВидеоSequences and Genomic Features 9: BEDtools IВидеоSequences and Genomic Features 10: BEDtools IIВидео

Quiz & Exam

Module 2 QuizЗаданиеModule 2 Exam Instructions **IMPORTANT**ЧтениеModule 2 ExamЗадание
03Week Three11 материалов

Module 3

Alignment & Sequence Variation 1: OverviewВидеоAlignment & Sequence Variation 2: Alignment & Variant Detection ToolsВидеоAlignment & Sequence Variation 3: VCFВидеоAlignment & Sequence Variation 4: BowtieВидеоAlignment & Sequence Variation 5: BWA ВидеоAlignment & Sequence Variation 6: SAMtools (mpileup)ВидеоAlignment & Sequence Variation 7: BCFtoolsВидеоAlignment & Sequence Variation 8: Variant CallingВидео

Quiz & Exam

Module 3 QuizЗаданиеModule 3 Exam Instructions **IMPORTANT**ЧтениеModule 3 ExamЗадание
04Week Four12 материалов

Module 4

Tools for Transcriptomics 1: OverviewВидеоTools for Transcriptomics 2: RNA-seqВидеоTools for Transcriptomics 3.1: Tophat IВидеоTools for Transcriptomics 3.2: Tophat II ВидеоTools for Transcriptomics 4: CufflinksВидеоTools for Transcriptomics 5: CuffdiffВидеоTools for Transcriptomics 6.1: Integrated Genomics Viewer IВидеоTools for Transcriptomics 6.2: Integrated Genomics Viewer II Видео

Quiz & Exam

Module 4 QuizЗаданиеModule 4 Exam Instructions **IMPORTANT**ЧтениеModule 4 ExamЗадание

Post-Course Survey

Post-Course SurveyЧтение