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生物信息学: 导论与方法 · LearnSpace
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生物信息学: 导论与方法

Курс от Peking University
Уровень не указан≈ 25.5 чКитайский (Китай)
О курсеНавыкиПрограммаПреподаватели

О курсе

欢迎选修北京大学MOOC课程“生物信息学:导论与方法”。 近三十年来,生命科学与计算科学飞速发展。生物信息学是一门生命科学与计算科学的前沿交叉学科。生物信息学产生和迅猛发展的主要推动力来自于新一代测序等高通量技术在生命科学领域越来越广泛的应用。目前,人和很多动植物的基因组已经被测序出来。已知DNA序列的数量已超过20兆亿碱基,每五个月翻一番。这些前所未有的大数据中蕴藏着很多尚不为人知的新发现、新知识,给生命科学研究带来新的历史机遇。但是同时,这些大数据不仅数量巨大、持续呈现指数增长的趋势,而且噪音高,异构程度高。准确、快速地分析这些数据需要先进的计算方法。 生物信息学是一门强大的新技术,是用来分析、存储、搜索海量生物医学数据的信息技术和计算技术。另一方面,生物信息学是一种研究生命科学问题的新方法、新思路,是一种从全基因组出发、从系统水平出发、基于数据整合,提出新假说、发现新规律的研究方法。在这门“生物信息学:导论与方法”网上课程中,我们将向您系统地讲授生物信息学主要概念及方法。课程内容从基础的序列比对开始,循序渐进,围绕深度测序数据分析、计算基因组学、分子通路鉴定等当前研究的前沿热点内容进行介绍与讨论。进一步地,我们会以我们实验室自己开发的算法、软件及数据库为例,告诉您如何开发新的生物信息学技术。我们将用具体实例展示给您,如何用生物信息学的方法及研究思路来解决生命科学里的实际问题。我们也邀请到几位生命科学领域资深教授介绍相关的生物信息学重要工作及生物信息学在生命科学中的作用。 本课程材料采用 CC BY-NC-SA 协议开放共享。

Навыки, которые вы освоите

BioinformaticsAlgorithmsMarkov ModelLife SciencesMolecular BiologyBiologyData Analysis Software

Программа курса

14 модулей · 108 учебных материалов

01导论与历史7 материалов

第一课

课程介绍Видео什么是生物信息学 Видео

第二课

生物信息学历史Видео中国大陆的生物信息学Видео

补充材料

Учитесь у экспертов

Ge Gao 高歌, Ph.D.

Assistant Professor, Principle Investigator

Liping Wei 魏丽萍, Ph.D.

Professor, Director

生物信息学: 导论与方法
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Обучение на Coursera

≈ 25.5 ч

14 модулей

Язык: Китайский (Китай)

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阅读参考Чтение
讲义Чтение

小测

导论与历史Задание
02序列比对11 материалов

第一课

序列比对中的基本概念Видео

第二课

利用动态规划进行全局比对Видео从全局比对到局部比对Видео

第三课

考虑仿射空位罚分的序列比对,以及如何计算Needleman-Wunsch算法的时间复杂度Видео

补充材料

关于同源、相似性、相似性矩阵和点阵图ВидеоM.S. Waterman教授访谈 Видео学生课堂报告(一)Видео学生课堂报告(二)Видео阅读参考Чтение讲义Чтение

小测

序列比对Задание
03序列数据库搜索6 материалов

第一课

序列数据库 ВидеоBLAST算法初探Видео

补充材料

学生课堂报告Видео阅读参考Чтение讲义Чтение

小测

序列数据库搜索Задание
04马尔可夫模型10 материалов

第一课

从状态到马尔可夫链 Видео隐马尔可夫模型 Видео用隐马尔可夫模型建立预测模型 Видео

补充材料

学生课堂报告(一)Видео学生课堂报告(二)Видео学生课堂报告(三)Видео学生实践Видео阅读参考Чтение讲义Чтение

小测

马尔可夫模型Задание
05新一代测序NGS:重测序的回帖和变异鉴定10 материалов

第一课

新一代测序 Видео序列回帖和变异鉴定 Видео

讲解演示

序列回帖和变异鉴定的分析演示Видео

补充材料(一)

关于回帖、变异鉴定Видео关于基因型鉴定Видео

补充材料(二)

Ion Torrent PGM测序介绍Видео3730 Sanger测序介绍Видео阅读参考Чтение讲义Чтение

小测

新一代测序NGS:重测序的回帖和变异鉴定Задание
06变异的功能预测9 материалов

第一课

问题概述Видео记录变异的数据库Видео

第二课

基于保守性和规则的预测方法:SIFT和PolyPhenВидео基于机器学习分类器的预测方法:SAPREDВидео

补充材料

支持向量机简介 Видео学生课堂报告 Видео阅读参考Чтение讲义Чтение

小测

变异的功能预测Задание
07期中考试1 материалов

期中考试

期中考试Задание
08新一代测序NGS:转录组分析RNA-Seq12 материалов

第一课

转录组介绍 Видео

讲解演示

RNA测序数据回帖与组装ВидеоRNA-seq数据分析Видео

Maynard Olson教授访谈

Maynard Olson教授访谈 Видео

补充材料

学生课堂报告(一)Видео学生课堂报告(二)Видео学生课堂报告(三)Видео学生课堂报告(四)Видео学生实践Видео阅读参考Чтение讲义Чтение

小测

新一代测序NGS:转录组分析RNA-SeqЗадание
09非编码RNA的预测及分析8 материалов

第一课

从信息到知识 Видео

第二课

数据挖掘: 长非编码RNA的鉴定Видео数据挖掘: 差异表达与聚类分析Видео

补充材料

变量选择与聚类分析ВидеоIllumina HiSeq & MiSeq测序仪介绍Видео阅读参考Чтение讲义Чтение

小测

非编码RNA的预测及分析Задание
10本体论、分子通路鉴定11 материалов

第一课

本体论和基因本体论 Видео

第二课

KEGG分子通路数据库ВидеоGO注释Видео

第三课

分子通路鉴定 Видео应用:药物成瘾共同分子通路的鉴定Видео

补充材料

数据库系统简介ВидеоKOBAS演示 Видео学生演示KOBASВидео阅读参考Чтение讲义Чтение

小测

本体论、分子通路鉴定Задание
11生物信息数据库及软件资源8 материалов

第一课

生物信息资源概览Видео

第二课

美国国家生物信息中心(NCBI)资源Видео欧洲生物信息中心(EBI)资源 ВидеоUCSC基因组浏览器Видео其他主要生物信息资源Видео

补充材料

学生介绍CBI资源Видео讲义Чтение

小测

生物信息数据库及软件资源Задание
12研究案例 I -- 新基因起源8 материалов

第一课

新基因鉴定及演化分析: 概念与实例 Видео新基因鉴定及演化分析: 大脑演化的驱动力Видео

第二课

从非编码RNA起源的从头起源新基因Видео一个与成瘾相关的人类特异的从头起源的新基因 Видео

补充材料

学生课堂报告Видео阅读参考Чтение讲义Чтение

小测

新基因起源Задание
13研究案例II- DNA甲基化酶的演化功能分析6 материалов

第一课

从干实验到湿实验——一个演化问题 第1部分 Видео从干实验到湿实验——一个演化问题 第2部分Видео

裴钢教授访谈

裴钢教授关于研究背景的介绍Видео裴钢教授访谈Видео

补充材料

学生课堂报告 Видео讲义Чтение
14期末考试1 материалов

期末考试

期末考试Задание